（八）深圳与惠、莞的生态环保共治的问题
生态环境保护是《纲要》带有强制性指标的重点要求，深圳与惠州、东莞的环保共治主要体现在对跨界河流的污染治理。深惠两地环保部门在省环保局主持下联手开展整治行动，制定了整治计划和方案，建立了定期联席会议制度；借鉴深惠的合作经验，深莞两地在茅州河和石马河等共同区域的污染整治中也开展了类似的联防联治行动。但受各种因素的影响，这种合作共治还是初级的、浅层的、松散的，还缺乏主动性、稳定性和紧密性，信息不通、协调不畅、各自为政、各行其是的情况依然存在，治理不能同步进行，加之缺乏独立的协调机构和有效的督查机制，致使治理的力度和效果都有较大差距。 主要问题在于，一是观念障碍，二是利益障碍，三是机制障碍。
（九）深圳水资源问题
深圳是全国七大严重缺水城市之一，供水形势十分严峻。全市多年平均水资源总量为20.5亿m3，按全市846万常住人口计算，人均水资源拥有量为242 m3，仅为全国的1/8，不到全省的1/10。如果按实际管理人口计算，人均水资源拥有量为146.43m3,比例更低得可怜。
由于自然地理条件的限制，深圳境内没有足够大的“水缸”调蓄供水，难以应对重大旱情和突发事件。随着经济的强劲增长、人口的不断增多以及2011年世界大学生运动会的临近，深圳的用水供需矛盾将越来越突出，供水形势日趋严峻。如何采取措施提高供水保证率，是深圳必须解决的一大难题。根据深圳市历年城市供水供需平衡分析结果，预计2010年、2015年和2020年的缺水总量将分别达到2.95亿m3、4.98亿m3和8.65亿m3，显然，水资源短缺将是深圳经济社会发展面临的最大瓶颈，解决用水供需矛盾迫在眉睫。
惠州市多年平均降雨量1897mm，多年平均水资源总量127.5亿m3，人均占有水资源量3900多m3，再加上现有各类蓄水工程1522座，蓄水总库容283357万m3，以及地下水，按说，惠州市人均占有水资源量是富裕的。可是，惠州市近几年因水污染、工业发展、人口增多等诸多因素导致出现了水资源量逐年锐减，年用水总量逐年增长的情况，使得惠州市的用水压力日趋增长。
